メッシュの件は解決できて良かったです。
まず“対応無し”の表示は再インポートの際に新規パーツに表示されます。
パーツ分けによる追加と思われますので、そのまま編集を続けて問題御座いません。
次に上まつ毛が消えた問題ですが、推測の通り、クリスタのパーツ位置を変えた事によるものと思われます。
（原因：アートメッシュ外にパーツが配置されてしまった）
この為、髪の時と同様に上まつ毛のパーツをメッシュで画面全体を囲う事により、場所が特定出来ると思います。
もしくは再インポートの際に“全てのレイヤーを新規アートメッシュとして追加”を行えば、場所を特定する事が可能です。
尚、クリスタのキャンパスサイズを変えた場合も同様の問題が発生を致します。