最近ツイッターで moc3 の仕様についての話題が流行っております。
moc3 は確かにエクスポートしたら、Mesh や Warp Deformer については編集ができないファイルでございます。
そこで提案ですが、「既存の moc3 の上で Cubism Editor から編集する」という機能を追加してはいかがでしょうか？
Animator Interface では moc3 の読み込みがサポートされていますが、
Modeling Interface でも既存の moc3 を読み込み、その上で編集できるようにするイメージです。moc3 については Viewer の機能と同じく、既存の moc3 のパーツを表示・非表示にすることは可能にする一方で、元の moc3 の変形や編集はできないようにします。
その上で服装制作などを可能にする。
また、コンバインした内容を1つの moc3（あるいは新しいフォーマット）としてエクスポートできるようになればいいんじゃないかなと思っております。
人によっては使用制限が必要かもしれません。例えば販売モデルなどで、ウォーターマークが消されたくない場合もあると思います。
moc3 をエクスポートする際に「Editor 内で読み込み可能」といったチェック項目を用意すれば、それもよいのではないかと思います。
それができたら、cmo3 を共有しなくてもモデルの編集ができるようになります。
個人でも cmo3 ファイルが大事なファイルであることはご存知かと思いますが、そのファイルがないためにいろいろ面倒になることもあります。
そういった中間的な作業や修正ができるようになったらいいんじゃないかなと思っております。
「既存モデルの保護」と「二次制作・差分制作の利便性」を両立できる機能として、検討の価値があるのではないでしょうか。