フォルダ構造がWindowsなどのPCに出力したものを指しているのか、Unityにインポートした後のことを指しているのか書かれていないため、フォルダ構造を変える以前に、フォルダ構造を確認することもできません。
想定されるフォルダ構造とやらがあるのなら、Live2DからUnity用にデータをエクスポートし、Unityにインポートする手順と、その手順のどこにデータ構造を変更する必要があるのかを提示していただけますか。
フォルダ構造がWindowsなどのPCに出力したものを指しているのか、Unityにインポートした後のことを指しているのか書かれていないため、フォルダ構造を変える以前に、フォルダ構造を確認することもできません。
想定されるフォルダ構造とやらがあるのなら、Live2DからUnity用にデータをエクスポートし、Unityにインポートする手順と、その手順のどこにデータ構造を変更する必要があるのかを提示していただけますか。