@Syu 様
回答ありがとうございます。
確認する限り、おそらく各コンポーネントの実行順が原因だと思われます。
GameObjectにつけられたコンポーネントがどのような順番で実行されるかはUnityによって決められます。
そのため、作成していただいたコンポーネントが物理演算の計算よりも後に実行された場合、値操作の結果が物理演算に反映されません。
Cubism SDK for Unityでは、コンポーネントの実行順序を制御する機能があり、こちらを利用することで解消されるかと思われます。
利用方法は、Cubism SDK チュートリアルの「独自のコンポーネントの実行順を制御させる」をご覧ください。
よろしくお願いいたします。